ChemBioDraw化學(xué)軟件主界面
1、Menu Bar指的是菜單欄,ChemBioDraw化學(xué)軟件的主要菜單均在此處,常設(shè)11項菜單,包括File(文件)、Edit(編輯)、View(視圖)、Structure(結(jié)構(gòu))、Text(文本)、Curves(曲線)、Colors(顏色)、Search(搜索)、Windows(窗口)、Help(幫助)。用戶根據(jù)菜單名稱都能知道它的主要作用,每個菜單下面均有更多的子命令。
2、Magnification Controls指的是大小縮放按鈕,縮放按鈕和其他文檔操作按鈕(比如新建、保存、打開、剪切等)均屬于General Toolbar(通用工具欄),大小縮放按鈕可以控制文檔顯示比例。
3、SciFinder Tool是由CAS設(shè)計的一款檢索應(yīng)用程序,它是世界上最權(quán)威、最全面的化學(xué)和科學(xué)信息數(shù)據(jù)庫。
4、Text Formatting Tools指的是文本格式工具,關(guān)于字體、格式、對齊方式、加粗斜體等均包含其中,所以該條工具欄稱為Style Toolbar(格式工作欄)。
5、BioDraw Toolbar指的是生物繪制工具欄,包含14種生物工具,每一種模板工具下面還有更多模型,這為ChemBioDraw化學(xué)軟件繪制生物結(jié)構(gòu)提供了無限可能。
6、Main Toolbar指的是主要工具欄,學(xué)會這個工具欄中工具的使用方法十分重要,主要工具欄是頁面左側(cè)的一列,包含化學(xué)鍵工具、選擇工具、文本工具、苯環(huán)工具等多種常用工具,是繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)式不可缺少的一部分。
7、Document Windows指的是ChemDraw化學(xué)工具的繪制窗口,用戶所繪制的結(jié)構(gòu)式、反應(yīng)式、流程圖等化學(xué)圖形全部顯示在這里。
8、Status Bar指的是狀態(tài)欄,位于主頁面的最下方,當(dāng)鼠標(biāo)滑過菜單、命令或工具時,狀態(tài)欄就會顯示該菜單、命令或工具的作用以及用法,對新手用戶十分有用。
溫馨提示:上述General Toolbar、Style Toolbar、BioDraw Toolbar以及Main Toolbar可以通過View菜單進行隱藏或顯示,如果哪天這些工具欄不見了,去View菜單準(zhǔn)沒錯。
1、主要工具欄上部圖標(biāo)
上部工具欄包括眾多的普通工具,所謂普通工具圖標(biāo)就是一般應(yīng)用程序中都會設(shè)置的工具,比如文本、橡皮、選擇工具等,Chemdraw 15的上部圖標(biāo)及其描述如下圖所示:
主要工具欄上部圖標(biāo)
2、主要工具欄中部圖標(biāo)
ChemDraw Prime 15主要工具欄的中部圖標(biāo)主要是各種化學(xué)鍵以及繪圖元素等,比圖軌道和化學(xué)符號,具體如下:
主要工具欄中部圖標(biāo)
3、主要工具欄下部圖標(biāo)
在下部工具欄中比較多的是環(huán)結(jié)構(gòu)工具,省去用戶繪制基本環(huán)結(jié)構(gòu)的時間,直接點擊即可,具體圖標(biāo)如下所示:
主要工具欄下部圖標(biāo)
ChemDraw作為一款非常簡單易學(xué)且功能強大的智能輔助軟件,對于化學(xué)式、原子式、有機物分子結(jié)構(gòu)等領(lǐng)域的繪制、計算和分析等十分實用,對于廣大的生化學(xué)習(xí)者而言都是一項不可或缺的實用工具。
由于目前ChemDraw只有全英文界面,故對于初學(xué)者而言并不友好,而且很多實用的工具也需要大家自己摸索。今天,小編就來給大家介紹一些ChemDraw中十分實用的工具,主要集中在View單欄,相信大家閱讀完后會有全新的使用感受。
十字線和標(biāo)尺工具
當(dāng)書寫化學(xué)反應(yīng)式時,當(dāng)繪制流程圖時,當(dāng)化學(xué)式很復(fù)雜時,大家會不會對自己的作品感到不甚滿意呢?因為不夠整齊。此時,十字線和標(biāo)尺工具就顯得尤為重要了,大家選擇View菜單中的Show Crosshair/Show Rules(如圖1所示)或者使用快捷鍵Ctrl+H/F11,這兩個鍵分別就是對應(yīng)十字線和標(biāo)尺工具,大家可以選定目標(biāo)并將它們移動到參考線上,對于大家調(diào)整化合物的位置十分有幫助。
圖1:顯示十字線、標(biāo)尺
常用工具欄管理
View菜單中還可以管理常用工具欄(如圖2所示),它們分別是Show Main Toolbar對應(yīng)頁面左側(cè)工具欄,Show General Toolbar對應(yīng)頁面上方工具欄,Show Style Toolbar對應(yīng)文字編輯工具欄,這三個工具欄對于大家編輯化學(xué)式時十分有幫助,通常情況下都是默認(rèn)選擇的,但大家有特殊情況想要隱藏在此處取消勾選即可。
圖2:常用工具欄管理
化合物的化學(xué)分析和化學(xué)性質(zhì)
當(dāng)大家繪制出目標(biāo)化學(xué)物質(zhì)后,在ChemDraw中可以很便捷地看到該物質(zhì)的化學(xué)分析和化學(xué)性質(zhì),例如分子式,精準(zhǔn)質(zhì)量,熔點沸點等,該功能對于寫論文的小伙伴應(yīng)該很有幫助。大家只需要選擇目標(biāo)化學(xué)物質(zhì)后點擊View菜單下的Show Analysis/Show Chemical Properties即可。(如圖三所示)
圖3:化合物的化學(xué)分析和化學(xué)性質(zhì)
特殊符號表
當(dāng)大家想要在編輯頁面中插入特殊符號時,可以選擇Show Character Map,點擊后即可展示特殊符號表,一覽無余,同時大家也可以對于符號的類型進行選擇,更方便大家查找插入。(如圖4所示)
圖4:特殊符號表
調(diào)整頁面倍率
頁面倍率的調(diào)整在大家修改細(xì)節(jié)時很常見,在圖5所示的四個鍵即是ChemDraw調(diào)整頁面縮放的工具,由上至下分別是:顯示100%倍率,契合窗口大小,擴大和縮小。大家按照自己的需求進行調(diào)節(jié)即可。
圖5:調(diào)節(jié)頁面倍率
今天以阿司匹林為例,為大家介紹一下ChemDraw繪制分子結(jié)構(gòu)式的方法。
如圖-1所示,就是阿司匹林照片及其分子結(jié)構(gòu)式,下面我就把ChemDraw繪制分子結(jié)構(gòu)的過程,向大家演示一遍。
圖-1 阿司匹林
1,繪制苯環(huán)。如圖-2所示,在工具欄中選擇一個與阿司匹林一樣的六邊形,在屏幕上選擇位置,鼠標(biāo)拖動調(diào)整方向。拖動時要注意雙鍵的位置關(guān)系。
圖-2 苯環(huán)工具
2,添加鍵和文字。選擇工具欄中的鍵工具,畫出鍵,在另一端使用文字工具輸入化學(xué)式。如圖-3箭頭所示,鍵工具和文字編輯工具都在左側(cè)的工具欄中。
圖-3 添加鍵和文字
在這里有一個細(xì)節(jié),就是我們選擇鍵工具之后,如圖-4紅框中的狀態(tài),再用鼠標(biāo)停放到需要繪制鍵的地方,那里會顯示藍(lán)色陰影,和一個小綠點。如圖-4中紫色箭頭所示,單擊鼠標(biāo),就會自動畫出鍵來。方向是綠點的方向,如圖-4中紅色箭頭所示。
圖-4 添加鍵的細(xì)節(jié)
3,添加雙鍵。如圖-5的紅圈所示,可以看到有一個多余的氫分子。這里不用管它,使用圖-5中紅色箭頭所示的雙鍵工具直接繪制即可。
圖-5 繪制雙鍵
4,檢查修正。如圖-6所示,加完雙鍵之后,那個氫分子就直接消失了。在圖-6紫色箭頭的提示下,兩個苯環(huán)的結(jié)構(gòu)略有不同,可以用橡皮工具(如圖-6的紅色箭頭所指的工具)擦掉不對的地方,然后把對的重新繪制上去即可,也是檢查紕漏的步驟。
圖-6 橡皮工具
6,完善。分子畫完后,我們可以添加一些完善工作,如立體視圖、分子量計算等。在這里,我們添加了一個立體旋轉(zhuǎn)效果,如圖-7所示,使用工具欄中的旋轉(zhuǎn)工具,然后用鼠標(biāo)拖動圖形,調(diào)整到合適角度即可。
完成以上步驟后,旋轉(zhuǎn)文件菜單,點擊保存,將作品保存到文件夾中,以便下次使用。
隨著ChemDraw軟件的普及,越來越多的人使用這款軟件來編寫化學(xué)方程式。今天就為大家介紹怎樣使用ChemDraw軟件來繪制一個化學(xué)方程式。 以下是用chemdraw軟件繪制碳酸氫鈉受熱分解的化學(xué)方程公式,下面就結(jié)合這個例子拋磚引玉的演示一下ChemDraw繪制化學(xué)方程式的步驟。
1,寫出反應(yīng)物和生成物。與手寫化學(xué)方程式一樣,先列出此方程式的反應(yīng)物和生成物。如圖-1所示,碳酸氫鈉受熱分解,生成碳酸鈉、水和二氧化碳。使用圖-1所示的文字編輯工具,直接在空白處熟入即可。
圖-1 反應(yīng)物和生成物
2,配平方程式。如圖-2所示,與正常手寫一樣,需要將方程式的等式兩邊配平。這里是在碳酸氫鈉前面填上“2”。另外,在此之前還要把不是角標(biāo)的數(shù)字改為角標(biāo),如圖-2中箭頭所示,這里使用的是箭頭所指的角標(biāo)工具。
圖-2 兩端配平
3,注明物態(tài)和反應(yīng)條件。如圖-3箭頭所示,反應(yīng)條件是“△”符號,這里我們使用的是環(huán)形工具中的三角形。物態(tài)符號的向上箭頭如圖-3中所示,使用的是箭頭工具,這個工具可以展開,可以選擇合適的尺寸和形狀。
圖-3 注明物態(tài)和反應(yīng)條件
4,在寫化學(xué)方程式時,最后一般都要檢查是否正確。用ChemDraw繪制化學(xué)方程式也是這樣。如果我們需要將這個制作在教案或者PPT上,不妨再在后面添加一些文字說明,如圖-4所示,文字說明的部分也是使用文字編輯工具,可以修改顏色。
圖-4 添加說明
此外,如圖-5所示,我們可以把這三個步驟進一步利用流程箭頭和大括號組合起來,在繪制方程式組的時候,這兩個符號也是經(jīng)常用到的。這里我們又用方框工具將它們框在了一起,然后使用組合工具把它們組合在一起。
圖-5 添加輔助圖標(biāo)
最后,保存文檔。保存的時候可以選擇圖片格式,這里我們選擇圖片格式是JPEG。如果不需要保存,可以直接把圖-5中紅框內(nèi)的全部選中,鍵盤快捷鍵Ctrl+C復(fù)制它們到Word文檔或者PPT文檔。
hemDraw是一項功能性極強的科學(xué)編輯軟件,對于大部分使用者而言,ChemDraw常用的使用功能是繪制化學(xué)式和化學(xué)反應(yīng)。能熟練運用快捷鍵會大大提高大家的工作效率。小編今天就以常見抗生素——頭孢孟多為例,向大家展示如何巧妙利用快捷鍵繪制大分子結(jié)構(gòu)式。
頭孢孟多,是臨床應(yīng)用于敏感的革蘭陰性菌所致的呼吸道、泌尿生殖系、皮膚和軟組織、骨和關(guān)節(jié)、咽耳鼻喉等部位感染以及腹膜炎、敗血癥等。對膽道和腸道感染有較好療效。其結(jié)構(gòu)式如下。
圖1:頭孢孟多結(jié)構(gòu)式
大家可以觀察上圖,可以發(fā)現(xiàn)以中央的六元環(huán)為基點作圖是很方便的。先利用六元環(huán)模板在圖上定位該環(huán),然后就可以利用快捷鍵快速繪制出碳骨架。添加單鍵的快捷鍵是1,雙鍵是2,楔形鍵是w(小寫),相應(yīng)的常見元素和化學(xué)基團也有快捷鍵,大家可以一邊繪制一邊添加,其中編輯該化學(xué)式可以用到的有:羥基快捷鍵為o(小寫),巰基或者硫原子為s(小寫),氨基為n(小寫)。由此便可快速繪制出頭孢孟多的結(jié)構(gòu)式。剛繪制完的結(jié)果如圖2所示。
圖2:頭孢孟多結(jié)構(gòu)式
大家會發(fā)現(xiàn),左邊的五元環(huán)還有點不自然,那是因為利用ChemDraw繪圖時,改變鍵角需要利用工具欄手動操作,且繪制出來也不夠標(biāo)準(zhǔn),故大家可以在全部繪制完成后點擊Structure中的Clean Up Structure矯正結(jié)構(gòu),就會得到圖3所示的標(biāo)準(zhǔn)又美觀的結(jié)構(gòu)式了。
圖3:利用Clean Up Structure矯正結(jié)構(gòu)
當(dāng)大家繪制結(jié)構(gòu)式時,難免會有失誤,ChemDraw中有一個貼心的功能可以幫助發(fā)現(xiàn)錯誤,點擊Structure中的Check Structure即可。但它也并非萬能的,該功能只能檢查有無化合價或飽和度方面的錯誤,若是基團添加錯誤,該功能就無法識別了。
圖4:利用Check Structure檢查有無編輯錯誤
最后,小編將ChemDraw中常用于編輯化學(xué)式的快捷鍵總結(jié)在圖5中,操作基本與上文繪制頭孢孟多一致,初學(xué)者們可以在平時繪制時多加使用熟練上手后,對于提高工作效率很有幫助。
圖5:常用快捷鍵
熟悉ChemDraw化學(xué)軟件的用戶一定知道,默認(rèn)圖片背景色為白色,默認(rèn)圖形顏色為黑色,只有黑白兩種顏色難免單調(diào)和沉悶,掌握為ChemDraw圖形填充顏色的方法可以增強圖形說服力和趣味性。下文將從更改圖片背景色和圖片顏色兩個方面講解如何為ChemDraw圖形填充顏色,想讓你的化學(xué)圖形“活”起來就趕快跟著小編來學(xué)吧!
若想更改ChemDraw背景顏色,Colors菜單和命令按鈕沒有用,用戶需要選擇File菜單下的Document Settings文檔設(shè)置命令,在彈出的對話框(如下圖所示)中選擇Colors面板,Background Color代表背景色,F(xiàn)oreground Color代表前景色,如果用戶想為背景填充顏色只需單擊Background Color后面實心三角符號即可打開顏色選擇框,最后單擊需要的顏色即可。
Color復(fù)選對話框
通過Colors菜單和命令按鈕即可為ChemDraw填充圖片顏色,這里以同一結(jié)構(gòu)填充不同顏色為例,具體操作方法是選擇工具選中需要填充同一種顏色的局部結(jié)構(gòu),然后從Colors菜單或者Colors快捷按鈕中選擇需要的顏色,如果需要填充三種顏色,只需要重復(fù)上一步驟即可。效果圖如下所示:
二維彩色結(jié)構(gòu)效果圖
Newman結(jié)構(gòu)式是一種表示有機化合物結(jié)構(gòu)的一種方法,是一種重疊型構(gòu)象,六根鍵中前后兩兩重合,則通常把后方的鍵稍微偏轉(zhuǎn)一個角度以表示出來。作為一種有機化學(xué)中的立體構(gòu)象,能更加直觀的表示化合物的整體結(jié)構(gòu),在教學(xué)或科研中常常出現(xiàn)。但是其繪制確是有一定講究,接下來就讓小編用ChemDraw向大家分享Newman結(jié)構(gòu)式的繪制。
第一步:編輯兩組鍵
Newman是由兩組重疊的化學(xué)鍵組構(gòu)成,所以首先需要大家畫出兩組開角為120度的化學(xué)鍵。因為這兩組鍵的鍵長是固定的,所以需要在化學(xué)結(jié)構(gòu)繪制軟件選擇單鍵工具后還需點擊Object中的固定鍵長選項,也可以按快捷鍵Ctrl+l固定鍵長,然后就可添加單鍵。并且要確保單鍵的開角一致。
圖 1:編輯兩組化學(xué)鍵
第二步:旋轉(zhuǎn)并連接單鍵
這兩組鍵是重疊但并不重合,它們的擺放位置是有一定差異的,故需要將其中一組鍵旋轉(zhuǎn)180度。方法是在ChemDraw中選中其中一組化學(xué)鍵,然后單擊右鍵旋轉(zhuǎn)180度選項,或者點擊快捷鍵就可以完成旋轉(zhuǎn)。然后選擇單鍵工具,取消固定鍵長就可以將兩組鍵連接在一起了。
圖 2:旋轉(zhuǎn)并連接
第三步:添加軌道
重疊的圖像中間是有一個圓形軌道的,大家需要先畫軌道再合并圖像。所以需要先選中軌道工具,然后選擇圓形軌道,在左側(cè)的化學(xué)鍵組的中央點擊即可添加軌道。
圖 3:ChemDraw添加軌道
第四步:合并圖形
接下來只需將兩組化學(xué)鍵合并即可完成圖像的繪制,首先需要點擊套索工具,然后選擇右上角的圖形,點擊Object菜單中的Bring to front選項,拖動圖像至左下角圖像中央就可將其置于其前方,即完成了該Newman結(jié)構(gòu)式的繪制。
圖 4:合并圖像
第五步:添加命名
因為Newman不是規(guī)則的化學(xué)結(jié)構(gòu)式,所以它的命名往往會很傷腦筋。而ChemDraw有一個強大的功能那就是直接給繪制出來的化合物添加名稱,甚至是給編輯的名稱添加圖像。這一強大的功能能夠快速地給出復(fù)雜化合物的名稱,可以說是非常實用。
圖 5:添加命名
透視圖形是有機化合物中非常常見的一種圖像,往往能夠更加具體的表現(xiàn)有機化合物的結(jié)構(gòu)特點。但是,一般的繪圖軟件很難繪制這種專業(yè)的圖形。這個時候就需要ChemDraw(Win系統(tǒng))這個專業(yè)的化學(xué)繪圖軟件,它能輕易的完成透視圖形的繪制。接下來就讓小編以環(huán)己烷為例向大家分享怎樣用ChemDraw繪制透視圖形。
第一步:下載并安裝ChemDraw
作為一款專業(yè)的化學(xué)結(jié)構(gòu)繪制軟件,其實是化學(xué)相關(guān)教學(xué)及科研中常用的一款軟件。大家可以在軟件官網(wǎng)下載試用,通常可以試用10次,大家可以充分了解軟件。
圖 1:軟件主界面
第二步:編輯六C環(huán)
環(huán)己烷是以一個六C環(huán)為基本結(jié)構(gòu)的化學(xué)圖像,所以在繪制的時候大家就需要先編輯一個六C環(huán)。而ChemDraw對環(huán)式結(jié)構(gòu)是有快捷方式的,在左側(cè)操作欄下方有各種環(huán)式結(jié)構(gòu)選項,找到六C環(huán)點擊即可,然后還需大家點擊套索工具然后對圖像進行旋轉(zhuǎn)才是環(huán)己烷的正確擺放。
圖 2:添加六環(huán)并旋轉(zhuǎn)
第三步:編輯長短鍵及文本
環(huán)己烷的支鏈長度并不完全相同,所以就需要大家在編輯鍵長的時候掌握一定的技巧。首先,點擊Object中的Fixed lengths或者Ctrl+l就可固定鍵長,編輯完長鍵后取消固定鍵長就可編輯短鍵。而后在對應(yīng)的位置編輯文本內(nèi)容即可。
圖 3:編輯C鏈
第四步:壓縮圖像
透視圖像可以說是一種立體圖像,所以說這時的六C環(huán)結(jié)構(gòu)肯定是表現(xiàn)為扁平效果的,故需要將其壓縮使其扁平。先選中套索工具,選中整個圖像,然后將鼠標(biāo)移到右下角,點擊Shift即可壓縮圖像。
圖 4:壓縮圖形
第五步:添加陰影
透視圖像的立體感之一就是來自于陰影,所以說添加陰影是非常重要的一步。在軟件界面的左側(cè)有陰影工具,根據(jù)需要選擇陰影類型即可,然后就可在對應(yīng)的位置添加。如果方向不對的話再次點擊就可轉(zhuǎn)換。
圖 5:添加陰影
到此,環(huán)己烷的繪制就基本結(jié)束了。
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