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Angew:DNA模板原位指導大環化反應用于定向生物正交合成

來源:化學加原創      2022-12-29
導讀:近日,來自印度的Jyotirmayee Dash團隊在Angew上發表了題為“Expanding the Toolbox of Target Directed Bio-Orthogonal Synthesis: In Situ Direct Macrocyclization by DNA Templates”的文章,首次證明了非天然DNA可以指導大環化樣反應合成基因調節劑。DNA G-四聯體(G4s)中存在的平面G-四分體為雙官能團疊氮和炔片段在寡聚和聚合過程中的生物正交大環化提供了尺寸互補反應平臺。在體外和細胞內成功執行原位大環化將為靶向治療應用開辟一個新的維度。

目標導向合成(TGS)是一種無需事先合成和高通量篩選即可識別目標選擇性先導物的強大工具。它已被有效地用于各種治療性蛋白和核糖核蛋白靶點的抑制劑的簡單合成。然而,作為模板的DNA/RNA靶點在設計和開發用于調節基因功能的小分子方面的研究仍然較少。

由于肽和擬肽大環的結構限制,它們表現出代謝穩定性和增強的生物分子靶標結合親和力仿肽大環的大表面積阻止了與雙鏈DNA的插層結合,并顯示了對DNA四鏈的選擇性。疊氮-炔環加成反應已被用作構建大環骨架的工具,在肽和碳水化合物化學、超分子系統和藥物化學中得到了廣泛的應用。雙官能團片段之間的雙環加成進行大環化需要很高的稀釋條件。通過原位雙擊反應合成靶標導向的多肽,如大環配體,不僅能有效構建大環結構,還有助于識別生物靶標的結合劑。然而,從反應混合物中識別原位生成的配體一直具有挑戰性。在這項工作中,作者團隊提出了G4s可以選擇性地導向雙炔和雙疊氮片段合成一個大環類肽的方案(Scheme 1)。這種大環配體也已在活細胞中由其相應片段合成,顯示出很有前景的生物學特性。

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Scheme 1. DNA功能化磁性金納米顆粒靶向導向合成G4選擇性配體的示意圖(圖片來源:Angew. Chem. Int. Ed.

為了生成目標特異性配體,作者制備了6個雙炔(1a-f)和9個單/雙疊氮(2a-i),其中包含脂肪族、芳香族和羧酰胺官能團以及烷基胺側鏈(Fig1a-b)。以c-MYC、h-TELO、c-KIT1、c-KIT2、BCL2 G4 DNA和一個dsDNA作為DNA模板,在鍍金磁性納米顆粒(AuMNPs)上進行瞬間共價系鏈(Scheme 1)。UV-Vis光譜證實了DNA與納米顆粒的結合(Fig1)。CD光譜顯示,固定在Au-MNPs上的c-MYC, c-KIT1, c-KIT2, BCL2和h-TELO G4s具有典型的CD特征,并保持其G4構象。在反應性方面,c-MYC G4-AuMNPs生成雙三唑基大環配體M1,h-TELO G4-AuMNPs也得到了相同的產物(Fig1c-d),并且前者具有更高的相對產率。

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Fig 1. G4納米模板定向原位環加成(圖片來源:Angew. Chem. Int. Ed.

為了確定原位生成M1的區域選擇性,作者在高稀釋條件下用標準Cu(I)-催化疊氮炔環加成(CuAAC)合成了M1(Fig2a)。觀察到原位反應和Cu(I)-催化反應都產生1,4-雙取代的抗三唑區域異構體。

為了了解這類大環的結合特性,作者團隊進一步通過Cu(I)-催化CuAAC合成了3個結構相似的化合物M2M3M4(Fig2a-b)。G4定向合成沒有檢測到1b2b組分形成的大環M4。含雙疊氮化合物(2a,2b)的吡啶雙羧基酰胺(1a,1b)與含雙炔化合物的吡啶雙羧基酰胺(1a1b)的反應,得到高收率(70-78%)的雙三唑大環M1-M4(Fig2a-b)。這類大環包含4個酰胺鍵和2個酰胺鍵同構體(三唑結構單元),可作為細胞內靶點的潛在治療性擬肽配體。

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Fig 2. Cu(I)-催化疊氮炔環加成反應合成M1-M4大環化合物及其結構和分子對接(圖片來源:Angew. Chem. Int. Ed.

M4的結構通過單晶X-射線分析確認(Fig2c),由于這些大環(M1-M4)的大環核具有精確的幾何互補和較大的表面積,預計它們對G4 DNA具有選擇性。此外,用熒光滴定法測定配體對不同G4的結合親和力(Kd)。觀察結果表明,盡管兩種配體都與h-TELO結合,但它們對c-MYC的結合親和力相對較高(Fig3c)。與M1M2相比,具有相似循環核的配體M3M4對c-MYC沒有太大的特異性和親和力。與未生成M4的TGS結果一致,M4對c-MYC、c-KIT2和h-TELO G4s表現出非特異性和弱結合。這一趨勢表明,帶有側鏈的大環配體M1M2對G4s的結合親和力高于沒有側鏈的M3(疊氮基吡啶環側鏈)和M4。熒光和ITC研究表明,這些配體與雙鏈DNA的結合微不足道。分子模型研究進一步表明,配體M1在c-MYC G4的存在下獲得了平坦但靈活的構象(Fig2e),盡管從晶體結構上觀察到大環核是非平面的。CD光譜研究顯示,即使存在15摩爾當量的大環(M1-M4),c-MYC G4也能保持其構象。

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Fig 3. 配體的RET-melting、Tm和ITC分析(圖片來源:Angew. Chem. Int. Ed.

接下來,XTT法檢測的細胞毒性結果表明,配體M1、M2、M3M4HeLa細胞具有相似的細胞毒性,但對正常NKE細胞的毒性均較低(IC50 ? 60 μΜ)。流式細胞術使用凋亡標記(Annexin V和PI)分析顯示,M1誘導61%的細胞群凋亡,10.8%的細胞群壞死。M2還誘導45%的細胞群凋亡,8.7%的細胞群壞死。

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Fig 4. 配體分子的qRT-PCR、Western blot、雙熒光素酶測定和免疫細胞化學分析(圖片來源:Angew. Chem. Int. Ed.

通過qRT-PCR和Western Blot研究配體對HeLa細胞中相對于管家基因表達的c-MYC基因表達的體外影響(Fig4a-c),結果表明M1在轉錄和翻譯水平上比M2更有效地抑制c-MYC的表達,而不改變管家基因的表達。雙熒光素酶檢測發現M1M2分別降低了c-MYC啟動子連接的熒光素酶表達51%和40%(Fig4d)。然而,M1M2都沒有改變c-MYC突變啟動子中的熒光素酶表達(不能形成G4結構),這表明觀察到的c-MYC表達下調是由四聯體穩定引發的。

接下來,作者通過疊氮和炔的無銅點擊反應來探索其在細胞中的可行性。對Hela細胞提取物進行ESI-MS分析,發現M/z值與M1對應,表明細胞大環化。用1a2a處理的細胞也增加了約2倍的BG4焦點,這表明細胞內形成的M1隨后穩定并捕獲內源性G四聚體結構。

總結

Jyotirmayee Dash團隊利用非共價相互作用的力量,首次完成了模擬肽型大環(M1)的DNA模板合成。該研究表明,大環化反應可以通過靶向合成方法實現。通過Cu(I)-催化環加成也合成了M1的結構類似物。G-四聯體和其中一種大環配體的晶體結構比較表明,互補結構基序通過雙疊氮和雙炔碎片之間不可逆的鍵合,在高親和的大環仿肽劑的形成中起著至關重要的作用。


文獻詳情:

Ritapa Chaudhuri, Thumpati Prasanth, Jyotirmayee Dash. Expanding the Toolbox of Target Directed Bio-Orthogonal Synthesis: In Situ Direct Macrocyclization by DNA Templates, Angew. Chem. Int. Ed. 2022, https://doi.org/10.1002/anie.202215245

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