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Nat Commun:廈大楊朝勇教授與合作者發展了基于單細胞轉錄組測序圖譜的腫瘤病灶溯源新方法
來源:廈門大學 2022-12-28
導讀:近日,廈門大學楊朝勇教授課題組與合作者發展了基于單細胞轉錄組測序圖譜與深度遷移學習的循環腫瘤細胞組織溯源新方法,相關成果以“Deep transfer learning enables lesion tracing of circulating tumor cells”為題發表于《自然-通訊》(Nature Communications, 2022, 13, 7687)。
圖:CTC-Tracer原理示意圖癌癥是威脅人民生存的重大疾病,發展癌癥診療新方法是國家的重大需求。現有癌癥診療體系中,明確原發部位仍是進行標準化治療的基礎。但是,在臨床上仍有3~5%的癌癥是無法確定原發部位,它們稱之為原發灶不明癌,是最常見的十大癌癥之一,其死亡率位列第4。準確的識別患者的原發病灶位置有助于確定有效治療方案,對于改善患者預后具有重要的意義。循環腫瘤細胞是從癌癥的原發灶或者轉移灶上脫落進入人體循環系統的一類癌癥細胞,是癌癥轉移的前驅體。基于外周血循環腫瘤細胞檢測的液體活檢技術因其無創、靈敏度高,分子信息全等優勢,近年來已經成為腫瘤篩查、伴隨診斷和預后評估的一種新興技術。課題組和合作團隊基于深度遷移學習,并結合腫瘤細胞單細胞轉錄測序(scRNA-seq)圖譜,實現了原發腫瘤細胞到CTC的知識遷移,突破了當前循環腫瘤細胞單細胞轉錄組圖譜數據庫匱乏的限制,高效精準地確定血液中CTCs對應的癌癥原發病灶,為癌癥病灶溯源提供了一種新思路。化學化工學院2020級碩士研究生郭曉旭和林芳禾為論文的共同第一作者。該工作在楊朝勇教授、上海交大分子醫學研究院宋佳副研究員、嘉庚創新實驗室張惠敏副研究員和墨爾本大學劉峰助理教授指導下完成。復旦大學李晉教授在實驗設計及驗證方面提供了重要幫助。該研究工作得到了國家自然基金委重點項目、廈門大學校長基金青年創新群體項目等資助。論文鏈接:https://www.nature.com/articles/s41467-022-35296-0
參考資料:https://news.xmu.edu.cn/info/1045/71668.htm
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